Valtakunnansyyttäjänvirastolla on paljon yhteistyötä Viron syyttäjälaitoksen kanssa. Kaksi virolaista suomen kieltä taitanutta syyttäjää on osallistunut syyttäjien peruskoulutuskursseille Suomessa. Lisäksi virolaisia syyttäjiä on säännöllisin väliajoin käynyt tutustumassa Suomen syyttäjälaitoksen toimintaa, niin hallintoon kuin operatiiviseen syyttäjän työhön. Syyttäjälaitoksen vuosittainen koulutusohjelma on toimitettu virolaisten kollegoiden tietoon.

Käytännön operatiiviseen toimintaan on saatu erityistä tehoa, kun maittemme välillä käynnistettiin vuonna 2000 ns. yhteyssyyttäjäjärjestelmä. Se noudattaa soveltuvin osin Euroopan unionin jäsenvaltioiden oikeudellisen yhteistyön edistämiseen tähtäävän yhteystuomareiden vaihtojärjestelmän periaatteita. Päätös tämän toiminnan aloittamisesta tehtiin Suomen ja Viron oikeusministeriöiden välillä. Syyttäjälaitoksen kannalta on ollut onnekasta, kun tehtävään tuli heti alkuun nimitetyksi syyttäjätaustainen virkamies, sillä syyttäjäkokemuksesta on selvästi ollut hyötyä Suomeen ja Viroon liittyvien rikosasioiden hoitamisessa käytännössä. Yhteyssyyttäjän tehtävät ovat moninaiset niin, että toimenkuvaan kuuluu myös muuta kuin rikosprosessiin liittyviä asioita.

Yhteyssyyttäjänä toimii Helsingin kihlakunnansyyttäjä Sirpa Väätäinen. Väätäisen toimipaikka on Tallinnassa. Yhteyssyyttäjät ovat ennen kaikkea lähettävien valtioiden eli kotivaltioidensa oikeusjärjestelmien asiantuntijoita, mutta he ovat työnsä kautta tulleet asiantuntijoiksi myös asemamaansa oikeusjärjestelmästä. Heidän ohjeensa ja neuvonsa syyttäjille ovat osoittautuneet hyödyllisiksi molempiin maihin liittyvien rikosjuttujen hoitamisessa rikosprosessin eri vaiheissa.